Ethan Hunt, Dead Reckoning'de her hamlesini önceden tahmin edebilen ve yanlış ellere geçerse büyük bir felakete yol açabilecek tehlikeli bir yapay zeka programı olan The Entity ile kendisini karşı karşıya bulur. Filmin sonunda, korkunç bir tren kazasından sağ çıkmayı başaran Ethan, eski bir Rus denizaltısında Entity'nin saklı olduğunu keşfeder. Ancak, geçmişinden gelen ve ona kin besleyen Gabriel (Esai Morales) isimli bir düşman da onun peşindedir...