Geçmişin etkisinden kurtulmaya çalışan ikiz kardeşler, yeni bir başlangıç umuduyla ayrıldıkları kasabaya geri dönerler. Ancak bu yer, onların düşündüğü gibi sıcak bir yuva olmaktan oldukça uzaktır.Karanlık bir sır, yıllar önce terk ettikleri topraklarda hâlâ varlığını sürdürmektedir. Kasabanın sessizliği altında gizli olan gerçek, ikizleri geçmişteki hatalarıyla yüzleşmeye zorlamaktadır.Kaçtıkları şeyin aralarına geldiğini fark ettiklerinde, her şey için çok geç olabilir. "Şeytanla dans edersen, bir gün seni evinde bulur" sözü artık bir uyarı olmaktan çıkıp bir lanet haline gelir.Geçmişin karanlığıyla yüzleşmek zorunlu hale gelmiştir. İkizler, kasabanın gizemlerini çözmeye çalışırken karşılarında dehşetin tam ortasında bulurlar.Bu sefer kaçış söz konusu değildir; geriye kalan tek şey, yüzleşmek zorunda kalmaktır.

Marcus, bir vuruşmadan kıl payı kurtulurken, Bronx sokaklarında geçirdiği yetim günlerini, uyuşturucu dünyasındaki yükselişini, bir suçluyla olan ortaklığını ve rap sanatçısı olma şansını elde edişini hatırlar.

Bir başka evrenden gelen acımasız yaratıklar müthiş bir kaos yaratmak isterken ninja kaplumbağalar ve onların gizemli güçleri büyük bir sınavdan geçiyor. Filmde Raphael, Michelangelo, Leonardo ve Donatello aksiyona geri dönüyor. Genç kaplumbağaların deneyimsizlikleri yüzünden kendilerini tuhaf durumların içinde buldukları bu komik macera hiç olmadığı kadar büyük riskler içeriyor. Gelecekten gelen gizemli yabancı Casey Jones, galaksinin en tehlikeli uzaylı gücü olan Krang'in yaklaşan istilası konusunda onları uyarınca kaplumbağalar zorlu bir sınavla karşı karşıya kalıyor. Bakalım ekip olarak bu işin altından kalkarak alın yazılarındaki kahramanlara mı dönüşecekler, yoksa gençlik hatalarına yenik mi düşecekler? Ninja Kaplumbağalar'ın gelmiş geçmiş en heyecanlı, en duygusal ve en destansı macerasına hazır olun.