Çocuk ve Balıkçıl, ergenlik dönemindeki bir gencin hikayesini anlatıyor. İkinci Dünya Savaşı sırasında Mahito adında genç bir çocuk, annesi öldükten sonra kırsalda yaşayan babasının yanında kalmak zorunda kalır. Yeni yaşamına alışmaya çalışan Mahito, terk edilmiş bir kulenin etrafında günlerini oynayarak geçirir. Mahito oynamak amacıyla kuleye gittiğinde, devamlı gri bir balıkçıl kuşuyla karşılaşır. Fakat çok zaman geçmeden hiçbir şeyin gerçekte göründüğü gibi olmadığını anlar.